Undervisningsministeriet fører tilsyn med de frie grundskoler. Den del af tilsynet, der handler om kvaliteten i undervisningen, varetages af Styrelsen for Undervisning og Kvalitet.
For at få overblik over hele området kan styrelsen vælge at se på, om en eller flere skoler kræver særlig opmærksomhed, f.eks. på grund af lave karakterer ved folkeskolens prøver.
Tilsynene kan også blive sat i gang på baggrund af henvendelser til styrelsen fra forældre eller andre. Styrelsen behandler ikke klagesager om en enkelt lærer eller en enkelt elev. Men det kan føre til et tilsyn, hvis en forælder eller en anden giver styrelsen oplysninger om en skole, som kan skabe bekymring for kvaliteten i skolens samlede undervisning. I ganske få tilfælde vurderes undervisningens kvalitet at være så lav, at skolen får frataget sit tilskud og retten til at være en fri grundskole.
For at sikre undervisningens kvalitet skal skolerne vælge en eller flere eksterne tilsynsførende, eller skolen skal gennemføre en selvevaluering efter en evalueringsmodel, som er godkendt af ministeriet. Selvevalueringen sikrer, at en skoles evaluering kan give skolens forældrekreds og bestyrelse samt Styrelsen for Undervisning og Kvalitet mulighed for at vurdere, om skolen lever op til de centrale krav om undervisningen i loven. Hvis skolen vælger en ekstern tilsynsførende, er der i Lov om frie grundskoler fastsat regler om, hvad tilsynet indebærer, og nyvalgte tilsynsførende skal være certificerede.